Le 8 janvier 2001, une Charte de gestion du risque inondation sur les bassins versants de l'Aisne et de l'Oise est adoptée pour la période 2000–2006 entre l’Etat, l’Entente, l’Agence de l’eau Seine Normandie et Voies navigables de France, qui s’engagent à coordonner leurs politiques et mener en commun des actions pour prévenir les inondations. La charte constate l’engagement des signataires à mettre en œuvre des objectifs généraux, les principes de coordination et d’organisation, les principes techniques et de financement afférents, et à mobiliser tous les partenaires concernés (collectivités territoriales notamment), afin d’instituer une gestion globale du risque d’inondation sur le bassin versant Oise-Aisne. Elle constitue également le cadre de travail partagé dans ce but par les différents signataires et leurs partenaires.

La Charte est adossée à un volet interrégional des contrats de plans Etat régions de sorte qu’un programme d’études et de travaux de 177 MF est cofinancé avec le soutien de l’Etat, de l’Agence de l’eau, mais aussi des régions Ile-de-France, Picardie et Champagne-Ardenne.

Le rôle de l’Entente en tant qu’opérateur principal à l’échelle de l’ensemble du bassin est reconnu dans les principes généraux de la charte : "... Avec l’appui technique de l’Etat, l’Entente interdépartementale Oise–Aisne assumera ainsi la programmation et la maîtrise d’ouvrage des aménagements à l’échelle du bassin.". L’Entente accomplit cette mission de protection contre les inondations à travers deux principaux axes d’interventions :

• le programme d'aides aux collectivités locales pour les travaux d'entretien et de restauration des cours d'eau non domaniaux (conjointement avec l'Agence de l'eau) et pour leurs travaux de protection localisée contre les inondations;
• études et travaux d'entretien des sections non navigables de l'Oise et de l'Aisne domaniales;
• études et projets d’aménagement d'aires de ralentissement des fortes crues sur l'ensemble du bassin versant de l'Oise.
• la concrétisation de la stratégie de l’Entente et de son programme d’actions sur le bassin;
• un programme de lutte contre les inondations fondé sur le ralentissement dynamique.

En parallèle, l'Etat s'engageait à accélérer la prescription des plans de prévention des risques d'inondations (PPRI), VNF devait moderniser et optimiser la gestion de ses barrages de navigation et l'Agence de l'eau devait s'engager dans la reconquête des champs naturels d'expansion des crues.

Le rapport "Dunglas" ainsi que les études ISL sur les rivières Oise et Aisne, Stucky sur l’Oise amont et Safège sur l’Aisne amont et l’Aire ont aidé l’Entente à définir une stratégie d’aménagement hydraulique pour réduire le risque inondation à l’échelle des bassins versants de l’Oise et de l’Aisne. Une centaine de sites potentiels d’aménagement ont alors été identifiés dont quatre-vingt-six, d’une capacité totale de stockage de 65 Mm³ environ, constituaient l’esquisse d’un programme d’investissement à long terme (plusieurs décennies).

L’idée de barrages réservoirs laissa ainsi la place aux techniques de ralentissement dynamique associées à de l’information et de la sensibilisation préventive (programme d’aide à la pose de repères de crues, exposition itinérante). Après évaluation des potentialités ainsi identifiées, l’Entente rédigea un programme d’actions sur l’ensemble du bassin.