La mise en œuvre du programme interrégional correspondant au volet de "lutte contre les inondations" des contrats de plan Etat-Région (Champagne–Ardenne, Ile-de-France, Picardie), inscrit dans la Charte Oise Aisne pour un montant total de 27 millions d’euros sur la période 2000–2006, a véritablement commencé en 2002, avec la signature des conventions–cadre tripartites entre l’Etat, l’Entente et chacune des trois régions, suivie de la mise en place du financement des premières opérations pilotes présentées par l’Entente à ses partenaires financiers.

Les études de détails et les travaux relatifs aux sites de Longueil-Sainte-Marie et Proisy ont été financés dans ce premier plan. Dès 2003, le programme d’études et travaux a été précisé, s’agissant de localisations de sites, et complété par une approche économique et une meilleure connaissance du risque. Ainsi, une enveloppe de 34,6 M€ a été retenue par l’Etat, qui apporte son soutien au taux majoré de 40%, dans le cadre du premier appel à projets, dit "plan Bachelot", préfigurateur des plans d’actions de prévention des inondations (PAPI) d’aujourd’hui.

Des protocoles agricoles sont négociés avec les chambres d’agriculture puis signés en parallèle de la genèse de la Loi « risques » adoptée le 30 juillet 2003, qui crée la notion de servitude de surinondation. Le protocole cadre citant les principes d’indemnisation et la démarche à engager sur chacun des sites de projets est signé entre l’Entente et les chambres d’agriculture de l’Oise et de l’Aisne le 28 septembre 2006. Puis, le 7 décembre 2006, le protocole local de Proisy est signé; il devient le premier protocole s’appuyant sur le fondement juridique des servitudes de surinondation décrits au Décret du 7 février 2005.

L’Entente, avec son programme d’aides aux collectivités ainsi que de son programme d’intervention sur les rivières domaniales non navigables sous sa maîtrise d’ouvrage, développe des actions sous forme de travaux sur le lit mineur des cours d’eau (entretien, restauration et reconnexions hydrauliques).

L’Entente assure la gestion et l’instruction des aides aux collectivités locales qui souhaitent développer des actions d’aménagement visant plusieurs objectifs : la gestion des sites à enjeux, des actions environnementales et l’émergence de maîtres d’ouvrages locaux. En 2007, ce régime d’aide a été révisé afin de développer des actions fortes visant l’atteinte du bon état prescrit par la Directive cadre sur l’eau. De plus, en marge du projet de Longueil-Sainte-Marie, l’Entente a souhaité restaurer 93 ha de plans d’eau dont elle est propriétaire et dont les potentialités floristiques et faunistiques seront ainsi pleinement préservées tout en bénéficiant d’un programme pédagogique de sensibilisation du public.